《还珠格格》第三部继续展开了一段充满复杂情感和事件的皇室内外交织的故事。在这令人心驰神往的篇章中，小燕子与紫薇等人在皇宫内外经历了前所未有的挑战和磨砺。
在第三部中，他们因皇后的阴谋而被迫流落至永巷。小燕子在永巷成为了孤儿，而紫薇也身处困境。命运为他们带来了转机，他们在永巷结识了新朋友箫剑和晴儿。这群年轻人携手共进，决定逃离皇宫，踏上寻找亲人的征途。他们的旅途充满了艰难险阻，遭遇了云南当地的土匪和恶霸，但他们始终坚韧不拔，乐观向前。最终，他们找到了父母的下落，却悲痛地发现父母已经年迈，无法再与他们共度时光。
与此皇宫内也发生了翻天覆地的变化。皇太后为了永琪的子嗣问题，将知画送入永琪的生活圈。这一举措导致小燕子、永琪和知画之间陷入了纠结的三角关系。而紫薇则在这场风波中面临双重考验，她既要守护与小燕子的深厚友情，又要应对知画带来的新挑战。尔康随军南下的经历，使得他和紫薇之间经历了生离死别的磨难。
与前两部轻松欢快的氛围不同，第三部深入探讨了人性的复杂面和婚姻的真相。故事展现了还珠主角团在婚姻生活中的挣扎与困惑，揭示了人性的善恶和婚姻生活的复杂性。剧情跌宕起伏，令人回味无穷。
这部电视剧通过细腻的情感刻画和生动的故事情节，向观众展示了一个充满挑战和机遇的世界。在这个过程中，小燕子、紫薇等人的成长与蜕变令人动容，她们在困境中展现的坚韧与勇气令人钦佩。故事也探讨了人性的多面性和婚姻的复杂性，引人深思。